3色最大倍率キャラの無効貫通は正方形？潜在？

無効貫通潜在だと思います。
まず、貫通9個＋他2色の捻出には陣単発が使えません。
2色陣✖️・回復込3色陣✖️・回復無3色陣成功率71%・4色陣貫通成功率32%
また、遊戯などの2色変換スキルも単発使用だと欠損の恐れがありますし、欠損するとダメ半減も不発となり即死に直結します。

基本的には正方形です。

5色では火力がバラけるため、高HPの敵モンスターを突破しようと思うとエンハンスやアテンのような火力覚醒が尖ったモンスターが必要になります。

一方で3色の正方形であれば、もともとブロック消しの火力覚醒を沢山もっていることが想定されるので突破火力を出しやすいです。

また、3色陣スキルからなら攻撃色9個は確率的に出やすく、最悪、3色陣が下手くそでも、ドロップ調整スキルを重ね打って、欠損を起こさずに盤面を調整できるケースが多いと思います。

ただし、正方形の弱点として、ダメージ無効＋コンボ吸収＋根性持ちの敵モンスターと出くわした時に、以下の２点があげられます。

1.コンボ数を稼ぎづらい
2.根性対策をしづらい

コンボ加算については、ロキダークカラーをリーダー運用されるなら問題ないと思いますが、そうでなければコンボ加算スキル持ちをサブに入れるか検討する必要があります。

根性対策については、フレンドを追加固定ダメージ持ちのリーダーにしたり、サブに回復縦一列生成スキルと追加攻撃持ちを編成したりするなどダンジョンによっては対策が必要になります。

以上のの対策が手持ちで難しそうであれば、6色陣から回復5個生成が狙える無効貫通潜在を検討してみていいと思います。

無効貫通組まないと火力足りないなら組んで足りるなら潜在です

時と場合によるかもしれませんが無効潜在が圧倒的に楽ですよね。最近軽変換枠ってあまり見なくなりましたが昔のフェノンみたいな軽い列生成スキルなどあれば正方形でも問題ないかもしれません。ただ昔のミキフレミキフレでもそうだったように、縦の追い打ちも必要なときはめんどくさいですね。
ですが無効潜在はやはりアテンや2way時の雷神みたいな6色盤面でも正方形に遜色ない高火力を持ったキャラが欲しいです。ロキの50以下時はそれくらいの火力あると思うので問題ないとは思いますが。

個人的には無効貫通潜在ではないかと。
3色最大なので同じ色9個を集めにくいのと、追い討ちが必要になった時(フレンドでソフィを使えばいいだけですが)、同じ色9個+2色+回復5個が必要になり、面倒だなと感じました。LS的にパーティに5属性を揃えるでしょうし。
ですが、普通に正方形を組むのもありだと思います。LSにコンボ加算ありますし。使ってみて正方形組むの面倒だなと感じたら、潜在をふればいいと思います。