ソニアフィオかヨグ

二体いるなら分ければ解決ではないの？

さらに言うと
どちらでも良い
ヨグは追い討ち候補は山ほどいるし
フィオは追い討ち候補は少ないものの
必要あるかと言われるといらない

それぞれのパーティを運用していて手持ちではコットンしかいないなと感じたら進化させれば良いと思います。

ヨグパの場合、追加攻撃枠としては光コットン以外にもパイモン、ソニアエル、サリア、モミジと選択肢が多く、あえて落ちコンを止めてダメージ調整する場面はないと思います。
通常はコンボ強化も必要ないくらい火力が出ますし、そもそも周回用リーダーなので必要がないならコンボ数は少なく済ませたいという事情があり、イルムなど列強化に寄せたり、キラーに依存する方が使いやすく、光コットンが必須という場面は少ないと思います。

一方、ソニアフィオの追加攻撃枠は木コットン以外の候補はかなり限られますが、火力倍率が低く耐久力があるため、根性対策なしに殴り合う選択肢もあります。
また、リオレイア装備をアシストにつけることが多く、リオレイア装備の毒・威嚇を根性対策に使えるケースがあるため、木コットンはたしかに希少ではありますが必ずしもフィオパに必要とは言い難い印象です。

しがって、実際に運用されて必須だなと感じた方、感じた時に進化せれば良いと思います。

二体いるなら質問の前に結果は出てますよね

光と木一体ずつ作れば良いのでは？
コットンを同じパーティーに2体入れることはまずないので。