無課金ユーザーは魔法石を何に使うべきですか？

石10個くらい買ったことあるので、厳密には無課金ではないですがお答えします。

魔法石は
* スタミナ回復
* モンスターBOXの拡張（魔法石１個につき、BOX最大数5UP）
* フレンド最大数の拡張（魔法石１個につき、フレンド最大数５人UP）
* ダンジョンでのコンティニュー
* レアガチャ

に使えます。

ランク100くらいまでは、魔法石はモンスターBOXの拡張をメインにすると良いと思います。
初期状態ですとどうしてもすぐいっぱいになってしまうので、この段階でモンスターBOXの最大数100以上を確保しておくと良いでしょう。
このあたりまでは毎日プレーしていればサクサクとランクが上がっていくかと思います。

ランク100〜167までは、降臨ダンジョンなど、攻略に有利なモンスターをゲットできるダンジョンのコンティニューにも使うと良いでしょう。（このあたりのランクになると、超級や地獄級のダンジョンにも入れる強さになってくると思います。）
ランク167になると、スタミナが100になります。スタミナが100あると、満タンから消費スタミナ50のダンジョンを2回回すことができます。

ランク167以降は、スタミナ回復がオススメとなってきます。イベント時に来るゲリライベントの超メタドラダンジョン等で、魔法石を使って回復させ周回することで、手持ちのモンスターを効率よく強化することも出来ます。

レアガチャはゴッドフェス（激レアモンスターの出現確率が上がるイベント）の時だけ回すのをおすすめします。序盤から終盤まで使えるモンスターは、このフェスの時に手に入れやすくなるので、この時を狙って待ちましょう。

無課金であればフレンドの拡張はそこまで必要でないかと思います。1日に使用するフレンド数もそこまで多くないかと思いますが、足りない場合は適宜増やしていくと良いのではないでしょうか。