これからの進め方について迷っています。

闇PTは確かに弱点属性がないため強いですが、闇吸収のように露骨な対策がされているダンジョンもありますので、全てのダンジョンにおいて最適解というわけにはいきません。
特に最近の降臨チャレンジやチャレンジダンジョンでは、特定の属性やタイプのステータスが強化されるものが多いので、闇だけに拘らず、多くの属性・タイプのモンスターやPTを育成しておいた方が攻略の幅も広がると思いますよ。

ちなみに、ヨミドラ2体目はあれば確かに便利ですが、必須というほどではありません。
とりあえず、2体目購入を悩む前に1体目をきちんと育成して、PTの使用感を確かめてみてはいかがでしょうか。

現時点で闇属性は凄く強いのは確かですが
今後もずっとそれが続く可能性があるかどうか
ということを考えると、あるとは言い切れないところです
出来れば他のいいキャラ（使えるPT）だけを残して
だったら売ってしまってもいいと思います

ただヨミドラについてですが
出た当初はヨミドラのサブにヨミドラは必須といわれましたが
現在ヨミドラ以外のPTでも闘技場クリア報告が
バンバン出ているため２匹も正直いらないと思います

そういう事を考える前にとりあえずヨミドラ育成しきってパーティ編成、使用感を確かめてそれでも必要と思うのであれば買えばいいんじゃないですかね。
パーティとして完成したものを使いもせずに2体目に手を出すのはどうなのかと思います。
正直な所、ヨミドラは無理に2体も用意する必要はないと思いますけどね。

要らない要らない。エスカマリ2いてハクオオクニパンドラ要るんだったら無くても運用可能。