スキル上げについて

コラボダンジョンは基本的には開催期間が長めですので魔法石を使ってまで周回する必要はないかと思います。
また、魔法石を使って周回する基準としてはランク上げのため経験値が高いダンジョンにいくとかプラス卵が落ちやすいダンジョンにいくなどですね。
あとこれもダンジョンによって違いますがコラボダンジョンは出来るだけ難易度が高いものを周回することをオススメします。ドロップ率に結構差がありますよ。

基準は人によって違うと思いますが、私の場合は周回するのはプラスと潜在集めぐらいですね。
魔法石を使うのは、降臨プラス10倍（ソエルやカネツグ）とゲリラの星宝の魔窟、先日実装されたプレドラあたりです。

コラボモンスターのスキル上げは、使う予定のあるものだけで良いと思いますよ。
私の場合、コラボガチャをあまり引かないせいもありますが、周回してスキル上げをしたのはFFコラボぐらいですね。
通常ガチャのモンスターも覚醒でスキルリセットされる可能性が高いので、すぐにPTで使う予定がなければ、無理して上げる必要もないと思います。
今はピィも頻繁に配布されていますから、使うものだけピィでスキル上げするのもありかと。

スペシャルダンジョンは基本的に難易度の高い方がドロップ率も高くなっています。
ダンジョンによって違うと思いますが、ドロップ率アップ時なら、たいてい超級以上で道中確定ドロップ、地獄級以上でボスも確定ドロップだと思います。
道中のドロップ狙いならばドロップ率アップ時の超級、ボス狙いなら地獄級を周回するのがおすすめです。

石と溶かして周回する基準は目的によって変わると思います。ランク２０６くらいであれば、まずランク上げのための周回。イベントでノーマルダンジョン経験値1.5倍時の神々周回、経験値効率のいいイベントダンジョン（夏にあったぐんまコラボのようなもの）、コインダンジョンで不定期行われる経験値３倍等です。こういうイベントがあった時は許される限り周回して損はしません。ランクが上がりスタミナが増えれば石を溶かす頻度は当然減ります。ランク367（スタミナ200）までは一気に上げた方がいいと思います。私は現在ランク382程度ですが、夏のぐんまコラボ時に一気に110くらいから310くらいまで上げました。たぶん3日くらいだった思います。
次に回るのはランク300超えたあたりから、プラマラでしょうか？　ノマ3やテク５、降臨10とか20、あとゲリラの魔窟などを周回します。プラスも高速周回できるパーティーが組めるまで相当時間がかかりますので、まず、普段使うスタメンのモンスター５体に+２９７を振ります。　そのパーティーで周回することでさらに早く周回できます。五右衛門や赤おでんでのパーティーが組めるとかなり早く周回できます。　あと石を溶かしてもいいのは覚醒が追いつかない場合のゲリラのたまドラですね。ここでは赤おでんと緑おでんのスキラゲもできるのでちょっと余裕があるときに周回してみてください。
あと、コラボダンジョンが明確に育てたいモンスターがいる場合を除いて必要ありません。DBのベジットやFFのクラウド、北斗の拳のラオウのような実践で使えるモンスターがいないとか使わないのであれば、周回の必要はありません。魔法石取って終了です。　スキラゲしたいのならば、超地獄か泥1.5倍か2倍の時の地獄を周回することをおすすめします。
無理せずやるのが一番です。