分岐カエデのサブ

1つ目はシルヴィの方がおすすめです。使ってみると分かるのですが6個以下の条件を守ろうとすると7コンに届かないことがままありますが、そのような時のシルヴィの4wayはとても強力です。またスキルのヘイストも全体のスキル回転率を上げてくれるのでありがたいです
それとは別に降臨のルシャナもパーティーに必要な指をカバーしてくれるのでシルヴィと同じくらいまたオススメです

2つ目のコットンは強力なキャラですので追い討ち抜きに入れられるのであれば入れた方が良いです

3つ目は封印と相談して後は好みの具合だと、自分は超究極を使っています

1.シルヴィ
2.木コットンは作るべき
3.どちらかと言えば超究極

1.シルヴィ
他の方が回答されているのと同意見で、625倍出そうとすると6コンボ止まりになることがよく有り、2体攻撃重視の方が使いやすいです。
また、シルヴィの方が覚醒が充実しており、操作延長やチームHPアップも地味ですが大きいです。
さらに、ヴィシュヌを目覚めを利用するならヘイストはほしいところです。

2.木コットンは作るべき
分岐カエデパの追加攻撃枠としては私もルシャナが使いやすく感じます。操作時間2倍延長があり、HPもそこそこ高く、ナルガ装備などで暗闇対策がしやすくなります。
対して、木コットンはさらにHPが高く、その上変換が早く、回復を生成できて追加攻撃がほぼ確定ですが、7コンボ強化が時々不発に終わるのが玉に瑕です。
しかし、フィオを持っているなら追加枠としての適性が非常に高いので優先して作るべきです。

3.どちらかと言えば超究極
封印耐性や操作時間延長の関係で、超究極の方が使いやすく感じます。
封印耐性を持っていない三只眼などを編成する場合は封印耐性を2個持っている超究極ヴィシュヌは相性が良いです。
反対に封印耐性を持っていない覚醒は編成に若干の縛りを受けることになりますし、0.5秒が地味に大きいです。
しかし、火力要員としてクロノスを持っていない場合、2体攻撃重視の覚醒ヴィシュヌは相性良いので、この辺りは手持ちとの相談になりそうです。