ラグドラ2体or闇アテナはどちらが良いですか？

仮に闘技場3を周回するのでしたら、ラグドラパの方が安定しますね。

L ラグドラ
F ラグドラ 　
S ラグドラ
S ラグドラ
S ミト
S イシス

で適切にアシストすれば、闘技場3周回可能です。
火力調整も可能ですし、キラーで火力十分、操作時間も足ります。

闇アテナパで転生ハクを2体積んでも、操作時間が短く闇4個消しの7個コンボを組む方のが、ラグドラパで5色組むより難しい（面倒くさい）と感じます。

またコンボ強化を主力にした闇アテナパですと、7コンボで火力が大きく変わるためダメージ調整が必要な場面では落ちコン事故が多いです。
その点ラグドラの火力はキラー依存で、倍率が2色からなので調整はしやすいです。

サブとしても正直、闇アテナはあまり出番がないです。
メリオダスパのバインド耐性あり水枠として編成する可能性もありますが、コンボ強化主流の今となっては2体攻撃はコンボ数が稼ぎにくく、パズルが面倒くさくなるので火力要員としての採用機会は少ないと思います。

一方、ラグドラは完全バインドのダブルキラー持ちでサブとして出番は多いです。

なので、現環境とその手持ちならラグドラ2体をオススメします。

他の方と同じように、自分もラグドラです。
このサイトの闘技場3の周回パの編成が質問主さんができる状態です。(アシストのモンスターがいるかはわからないですが)
このサイトの闇アテナの闘技場3周回のキャラが揃っていないようですし、既にラグドラを１体持っているので、ラグドラを推奨します。モンポも15万ぶん安いですし。
また、属性違いではあるものの、火アテナの方が強かったりはします。耐久性が高いのが闇アテナですが、火アテナの方が火力をだせて、尚且つ、闇アテナよりも入手難易度が簡単です。

しかし、闇アテナも一時代を築いてから、大して時間は経っていないです。闘技場3を周回したいのであればラグドラですが、特に周回しないのであれば闇アテナでもいいと思います。
闘技場3周回を例に出したのはキラーの獲得がとても重要だからです。(自分は闘技場3をクリアしていないですし、当たり前のことなのでスルーしてください)

結論は、闘技場３を周回するのであればラグドラ、特に周回する予定もない(他の周回パがいたりする)のであれば、闇アテナも『こうほ』に入ります。 (『』内は重要なので強調しています)