素材の管理について

自分は普段から、それこそ素材指定される以前から、降臨モンスター、スペダン龍をストックしています
当然その分のBOXは埋まっているわけですが、急にBOXが埋まることはなく、BOXが急に狭く感じるということがありません
進化素材も普段からストックしていますし、降臨モンスターを進化できるチャンスがあったら、素材でなくてもさっさと進化させてしまいます
BOX拡張は、絶対に損することのない石の使い方だと思うので、早いうちから拡張するのも手だと思いますよ

私なりのBOX運用なので合うかわかりませんが…
まずBOXは最大（4500）まで拡張済みで、周回前は4-500の空きを作るようにしています。

運用はまず降臨ボスやスキル上げ素材等は手に入れたらなにも売らず、「スキルマx体＋余剰の確保、1面以上は売却」をルールにしています。
ex)6体所持→そのまま、7体所持→1体を5混ぜスキル上げ+1残し
※添付はヴァンパイアの例、とにかくただ圧縮していくイメージです。

そうすることで、いざ周回にダンジョンキャラが必要になった際にもすぐにスキルマがある、素材として必要になってもスキルが上がりきってないものから使えるというメリットがあります。

デメリットとしてはやはり確保している時点でBOXを圧迫するのと、いつなにが素材or周回に必要になるかわからないので選別し辛い点です。

集める際は1体だけのためにちまちまやるのも手間ですので、スキルマX体以上は売却、スキル上げはせずY体だけ確保、にするといいかもしれません。

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ボックスを拡張しない限り根本的な解決はできないですね。

ただ、曜日ダンジョンの進化素材については火水木金ダンジョンがあるので、進化を週末にまとめてやることで、多少ボックスの節約はできるかなと思います。

また、普段からレーダーで曜日ダンジョンを集めておくことで、進化素材ストックの代用にできるかもしれません。

覚醒用ボス素材も運が良ければ三位一体の周回でなんとかなったりするかなと思いますｗ

私は進化素材があまりに溜まり過ぎたら、進化素材用ボックスで縦一列をバーっと売却しています。そうすることでだいたい満遍なく売却することができます。
レア度の低い素材は複数列なので多めに売却されますし、１列に満たないようなレア度の高い素材は自然と売却されにくくなります。

素材は各10体。
ダブミスなど使用頻度の高いものは20体。
ボスは各2~3体キープしてます。

BOXは4100
常に600程度はあけてます。
魔窟などのゲリラは１時間周回で400以上埋まるので、そこが最低ラインです。
今回のプラマライベやマヘラ４倍のときは、さらにあけます。

BOXのやりくりも大切ですが、それ以上に拡張も大切です。
5回まわす予定だったガチャを、１回減らして拡張にまわしてみては？
後悔はしないはずです。