闇アテナのサブ

封印2個枠でお困りのようなので。
インドラを直入れするなら、ダンジョンドロップのアナザージャスティスとかどうでしょうか。
覚醒に無駄がありませんし、アテナパなら水も消すことになるので火力的にもインドラより貢献してくれると思います。

ノクティス2体に何を継承させられるかが問題ですね。インドラとかファセットとか。道中でノクティスのスキルを使う必要はおそらくないので何を継承できるかで対応力が変わってきます。特に闘技場3に行きたいなら対レーダー龍用に継承は必須です。
闇アテナは欠損率が低い上に遅延があるので変換は殺生丸とエスカマリがあれば十分だと思います。
何をもって高難度と呼んでるかは知りませんが継承をしっかりすれば闘技場3に行けるレベルにはなります。

普段使いならいいのですが闘技場1or3だとカマリは入れたくないですね。
ドロ強でヤテナの火力が高くなりすぎるため、吸収組が突破しにくくなります。
また、ノクティスが水を消す可能性があるので死にスキルになります。例えば火力を出したい場面で水盤面3個しかない場合使えないですね。

ヤテナは封印バッジないのであれば、オオクニ、ドゥルガー、イザナギxの封印2、エンハ持ちのどれかは欲しいです。

この手持ちだと普通にノクティス使ったほうが良いと思います。

ヤテナはハク、セポネ、オオクニ、ドゥルガー、星6ですが司馬懿など闇フェスのとき10kくらい引けばおそらくテンプレレベルが組めるのでラードラより敷居はひくいとは思います。

現状では購入はなしです。

闇アテナパの問題点は、操作時間、封印耐性、水の欠損だと思っています。
そのパーティーでは、操作時間は問題ないですが、封印が100%ではなく、水を作るのが殺生丸の陣だけで不安です。
封印はバッジでなんとかなるので、水の供給が問題ですね。
もし封印2個持ちのドゥルガーやカストルがいれば、エスカマリと入れ替えた方がいいかもしれません。
また、闘技場3などの高難易度ダンジョンでは、継承でスキルの幅を広げないと攻略は難しいです。
理想的な継承をつけるなら、まずノクティスのスキルはあまり意味がないので、ファセットやカラットのエンハンスを継承、2体目には覚醒ウミサチやハク、リューネなどの闇と水を同時に作れるスキル、殺生丸にはリューネ、エスカマリにインドラといった感じでしょうか。
質問者さんが考えている、高難易度攻略には、継承スキルも重要になってきます。
また、他に使えそうなモンスターがいるのか、文字でもいいので列記してくれると、回答もしやすいです。