闇コットンの需要

コットンは超覚醒でコンボ強化3つ持ちになるので、火力に関しては雨宮で代替できない部分があるのかなと思います。もちろん、雨宮は雨宮で優秀なサブではあります。

ただ、敵モンスターのHPが高い高難度ダンジョンになるほど、その火力差は埋めがたいものになると思います。雨宮がバランスタイプなので潜在キラーを振るという考えもありますが、貴重なスキルなので遅延耐性6振りが定番だろうと思います。対して闇コットンはコンボ強化3つの上に神キラーを振れるため火力要員としての差は意外と大きいものになります。

結局のところ、どちらの需要があるか？という一般論ではなく、お持ちのモンスターと攻略・周回したいダンジョンを念頭に個別具体的に勘案された方が良いのかなと思います。

つまり、お持ちのモンスターで『どちらがより攻略性能の高い編成になるか？』だと思います。
闇コットンから木コットンにすることで、RXやコマさんで裏や異形が快適に回れるようになるなど、明らかに攻略性能が向上するのであれば迷うことはないかと思います。

ただ、RXやコマさんは確かに優秀なリーダーで現環境トップの性能ですが、それも、おっしゃる通りゼラの存在が大きいと思います。一見、木コットンで代替できそうですが、スキルの強さの差が歴然です。
また、RXやコマさんSは耐久できる場面が多いため、スキルの重たいゼラを編成しやすく、互いに相性が良いという面もあります。

ですので、単にRXやコマさんをお持ちだからというだけでなく、他のサブの充実も勘案してお決めになられるのが良いと思います。