ミルパのサブは…

ラファエルかなー…その二択なら

私は状況に乗じてどちらもサブに起用しています。
よってどちらを入れますか？という質問に対してはどちらも入れるというのが回答です。どちらも育成しておいて損はないということです。

モーグリーはステータスに難ありですが覚醒スキル、スキルがともに優秀です。お邪魔、毒を弾いてくれるのは意外と役に立ちますし、回復ドロップ３個生成もちょっと足りない時に助けになります。
何よりもドロップ変換による欠損をたまに防いでくれたり3ターンごとにスキルを使えて他のキャラのスキルを想定外に使わざるを得ない場面が減るという点が強みでしょう。

ラファエルの無効化スキルはダンジョンによっては攻略のカギになるのでこちらも必須です。列強化５個も嬉しい。

ステータスの差はありますが、それもダンジョンに応じて考えたらいいと思います(敵ダメージ/4 < 最大HPかどうか)
おそらく最大HPがネックだとは思いますが、+を降っていれば大抵のダンジョンは気になりません。

ダンジョンの特定のギミックに対応したい場合はラファエル、それ以外はあらゆる面で使いやすいモーグリーを普段使っています。
育成するならまずはモーグリーを先にしてはどうでしょうか。（必要経験値、ピィ数も少ないですし）

火力が足りてるならモーグリですね。
進化1回だけしたミルを入れるのもおすすめです。